Chi cục BVMT được thành lập trên cơ sở Phòng Môi trường và Khí tượng thủy văn thuộc Sở TN&MT theo Quyết định số 1307/QĐ-UBND ngày 08/7/2008 của Ủy ban nhân dân tỉnh. Chi cục chính thức đi vào hoạt động từ 01/9/2008. Chi cục có 02 phòng chuyên môn là Phòng Tổng hợp và Đánh giá tác động môi trường, phòng Kiểm soát ô nhiễm và 01 Trung tâm trực thuộc (Trung tâm quan trắc môi trường được thành lập theo Quyết định số 2079/QĐ-UBND ngày 27/12/2011 và chính thức đi vào hoạt động tháng 3 năm 2012).